Высшим органом управления МАИН (Алматы) является сессия общего собрания.
Руководящим органом Академии между сессиями общего собрания является Президиум Академии, возглавляемый Президентом Академии.
Научная деятельность МАИН (Алматы) осуществляется в рамках семи секций, возглавляемых членами Президиума Академии.
Исполнительным органом МАИН является дирекция Академии, возглавляемая генеральным директором МАИН.
В состав дирекции входят департаменты.
Деятельность в регионах осуществляют филиалы (представительства).
